FORtschritte in der IDENTifizierung organischer Spurenstoffe: Nachhaltigkeit und Ansiedlung der FOR-IDENT Plattform

Dieses Projekt ist das dritte einer Folge von BMBF-geförderten Projekten zur Entwicklung einer Online-Plattform zur Unterstützung der Stoffidentifizierung im aquatischen Bereich. Ziel des Projektes ist es, das weitere Fortbestehen der nutzbringenden Arbeitsplattform FOR-IDENT zu sichern.
FOR-IDENT ist mittlerweile bei vielen Nutzern im Einsatz, die sich mit Target-Analytik speziell im aquatischen Bereich beschäftigen. Die Bandbreite der Anwender reicht von kleinen Laboren bis zu großen wissenschaftlichen Instituten und auch industriellen Anwendern. Somit ist FOR-IDENT zu einem wesentlichen Bestandteil der Auswertungen im Suspected- sowie Non-Target Screening geworden. Um ein Fortbestehen der Plattform auch nach der Förderung zu gewährleisten, soll in dieser Projektlaufzeit die Stabilität und die Weiterentwickelbarkeit der Software weiter verbessert werden.
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Abb. 1: Allgemeine Architektur der FOR-IDENT Plattform

Open Source

Damit die Software nach Ablauf der Förderung nachhaltig genutzt werden kann, bietet es sich an, sie frei als open source zur Verfügung zu stellen. Dann könnte die scientific community die Plattform weiter entwickeln, aber (bei entsprechender Lizenz) die Software nicht kommerziell vermarkten. Dazu müssen jedoch alle benutzten Bibliotheken überprüft werden, ob diese eine Offenlegung des Quellcodes zulassen. Das dient auch als Basis, um eine mit allen Werkzeugen verträgliche Lizenz auszuwählen.

Im Berichtszeitraum wurde der Quellcode von FOR-IDENT vollständig inklusive aller verwendeten Software-Bibliotheken durch unseren Kooperationspartner von JBB analysiert. Dabei wurde die Verträglichkeit der unterschiedlichen Lizenzen zueinander überprüft, um die Software rechtssicher bereitstellen zu können. Die verwendeten Lizenzen bestimmen auch die Lizenzierungsmöglichkeiten, unter der die Software veröffentlicht werden kann. Des Weiteren wurde ein Tiefenscan der Quelldateien aller Bibliotheken durchgeführt, ob Unstimmigkeiten zwischen der jeweils deklarierten Lizenz und Lizenzangaben auf Klassen- bzw. Ressourcenebene vorliegen. Während der Analyse wurden problematische Bibliotheken ersetzt. Teilweise konnten diese Bibliotheken vollständig durch neue Eigenentwicklungen abgelöst werden und somit die lizenzrechtlichen Probleme beseitig werden. Zum Beispiel steht das Vaadin Charts Addon unter einer kommerziellen Lizenz und damit implementierte Komponenten können nur durch Erwerb der Vaadin Pro Tools geändert und kompiliert werden. Die Spektrenanzeige in FOR-IDENT wurde damit umgesetzt und könnte ohne Erwerb von Vaadin Pro Tools zukünftig nicht angepasst werden. Deshalb wurde die Spektrenanzeige als Eigenentwicklung neu erstellt und integriert.

Nach jetzigem Stand gibt es folgende Möglichkeiten für die Lizenzierung von FOR-IDENT:

  • Lizenzen ohne Copyleft (z. B. Apache 2.0, MIT)
  • Lizenzen mit schwachem Copyleft (EPL-2.0, LGPL-2.1)

Erweiterung der Software

Die FOR-IDENT Plattform ist von Anfang an modular konzipiert worden, damit im Laufe der Zeit weitere Funktionalitäten hinzukommen können. Dazu wurde eine Erweiterung der Plattform für den pflanzlichen Bereich implementiert, die PLANT-IDENT. Diese Stoffdatenbank enthält allgemein Daten zu pflanzlichen Metaboliten, deren genaue Massen sowie andere analytische Werte. Sie nutzt den RTI Index. Es wird erwartet, dass diese Datenbank die Verwendung von Non-Target Screening im Bereich der pflanzlichen Metabolomik befördern wird.
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Abb. 2: Modularisierung der Hauptdatenbank

Umgesetzt wurde diese Erweiterung durch die Modularisierung der Datenbasis. Dazu wurde die Hauptdatenbank aufgeteilt und die Möglichkeit geschaffen, innerhalb der Software multiple Stoffdatenbanken zu verwenden. Die Zugriffsrechte auf die jeweilige Stoffdatenbank kann dem einzelnen Benutzer innerhalb der Benutzeradministrationsverwaltung individuell zugeteilt werden.
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Abb. 3: FOR-IDENT Screenshot mit einem Transformationsbaum von Metaboliten


Verbundprojektleitung

Prof. Dr. Frank Leßke (Koordination)
T +49 8161 71-5780
frank.lesske [at]hswt.de

Teilprojektleitung

PD Dr. Thomas Letzel
Technische Universität München

Projektbearbeitung


Projektdauer

01.09.2017 - 31.12.2019

Projektpartner

Projektträger

Projektförderung

Weblinks

Vorläuferprojekt FOR-IDENT