Damit die Software nach Ablauf der Förderung nachhaltig genutzt werden kann, bietet es sich an, sie frei als open source zur Verfügung zu stellen. Dann könnte die scientific community die Plattform weiter entwickeln, aber (bei entsprechender Lizenz) die Software nicht kommerziell vermarkten. Dazu müssen jedoch alle benutzten Bibliotheken überprüft werden, ob diese eine Offenlegung des Quellcodes zulassen. Das dient auch als Basis, um eine mit allen Werkzeugen verträgliche Lizenz auszuwählen.
Im Berichtszeitraum wurde der Quellcode von FOR-IDENT vollständig inklusive aller verwendeten Software-Bibliotheken durch unseren Kooperationspartner von JBB analysiert. Dabei wurde die Verträglichkeit der unterschiedlichen Lizenzen zueinander überprüft, um die Software rechtssicher bereitstellen zu können. Die verwendeten Lizenzen bestimmen auch die Lizenzierungsmöglichkeiten, unter der die Software veröffentlicht werden kann. Des Weiteren wurde ein Tiefenscan der Quelldateien aller Bibliotheken durchgeführt, ob Unstimmigkeiten zwischen der jeweils deklarierten Lizenz und Lizenzangaben auf Klassen- bzw. Ressourcenebene vorliegen. Während der Analyse wurden problematische Bibliotheken ersetzt. Teilweise konnten diese Bibliotheken vollständig durch neue Eigenentwicklungen abgelöst werden und somit die lizenzrechtlichen Probleme beseitig werden. Zum Beispiel steht das Vaadin Charts Addon unter einer kommerziellen Lizenz und damit implementierte Komponenten können nur durch Erwerb der Vaadin Pro Tools geändert und kompiliert werden. Die Spektrenanzeige in FOR-IDENT wurde damit umgesetzt und könnte ohne Erwerb von Vaadin Pro Tools zukünftig nicht angepasst werden. Deshalb wurde die Spektrenanzeige als Eigenentwicklung neu erstellt und integriert.
Nach jetzigem Stand gibt es folgende Möglichkeiten für die Lizenzierung von FOR-IDENT:
Wahmann, R.; Moser, S.; Bieber, S.; Cruzeiro, C.; Schröder, P.; Gilg, A.; Leßke, F.; Letzel, T. (2021): Untargeted Analysis of Lemna minor Metabolites: Workflow and Prioritization Strategy Comparing Highly Confident Features between Different Mass Spectrometers. Metabolites 11, 832 (12). DOI: 10.3390/metabo11120832
Metabolomics approaches provide a vast array of analytical datasets,
which require a comprehensive analytical, statistical, and biochemical
workflow to reveal changes in metabolic profiles. The biological
interpretation of mass spectrometric metabolomics results is still
obstructed by the reliable identification of the metabolites as well as
annotation and/or classification. In this work, the whole Lemna minor
(common duckweed) was extracted using various solvents and analyzed
utilizing polarity-extended liquid chromatography (reversed-phase liquid
chromatography (RPLC)-hydrophilic interaction liquid chromatography
(HILIC)) connected to two time-of-flight (TOF) mass spectrometer types,
individually. This study (introduces and) discusses three relevant
topics for the untargeted workflow: (1) A comparison study of metabolome
samples was performed with an untargeted data handling workflow in two
different labs with two different mass spectrometers using the same
plant material type. (2) A statistical procedure was observed
prioritizing significant detected features (dependent and independent of
the mass spectrometer using the predictive methodology Orthogonal
Partial Least Squares-Discriminant Analysis (OPLS-DA). (3) Relevant
features were transferred to a prioritization tool (the FOR-IDENT
platform (FI)) and were compared with the implemented compound database
PLANT-IDENT (PI). This compound database is filled with relevant
compounds of the Lemnaceae, Poaceae, Brassicaceae, and Nymphaceae
families according to analytical criteria such as retention time
(polarity and LogD (pH 7)) and accurate mass (empirical formula). Thus,
an untargeted analysis was performed using the new tool as a
prioritization and identification source for a hidden-target screening
strategy. Consequently, forty-two compounds (amino acids, vitamins,
flavonoids) could be recognized and subsequently validated in Lemna
metabolic profile using reference standards. The class of flavonoids
includes free aglycons and their glycosides. Further, according to our
knowledge, the validated flavonoids robinetin and norwogonin were for
the first time identified in the Lemna minor extracts.
Abstract
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